Выходец из питерского дворового футбола, на первенстве города Дмитрий Владимирович Бородин, уроженец Ленинграда, долгое время выступал за скромный «Турбостроитель». Его первым профессиональным клубом стал петербургский «Локомотив», в котором Бородин играл вместе с Дмитрием Сенниковым и Дмитрием Васильевым, а первой серьезной проверкой на прочность стал сложнейший переход в «Зенит» по итогам сезона 1999 года. Зенитовская карьера голкипера сложилась неоднозначно: он отстоял на ноль в своем дебютном матче 17 мая 2000 года с «Ростсельмашем», но провалил встречу с «Аланией». Перед началом «бронзового» сезона именно Бородин считался в Питере голкипером № 1, но конкуренцию Вячеславу Малафееву все-таки проиграл и в конце 2001-го, сыграв за «Зенит» всего 10 матчей, перешёл в московское «Торпедо».

В составе москвичей Бородин попал на заметку тренерам сборной России и неоднократно вызывался в главную команду страны, однако дебютировать в главной команде страны ему так и не удалось. Проведя в «Торпедо» пять сезонов и отыграв за команду 134 матча, в феврале 2008 года перешёл в новосибирскую «Сибирь», а еще через полгода — в махачкалинский «Анжи».

В начале 2009 года трансферный лист вратаря был выкуплен «Зенитом», но первые полгода Бородин провёл в аренде в подмосковных «Химках». В августе 2009 года, после семи лет перерыва, петербургский голкипер вновь был включён в заявку «Зенита» на чемпионат страны.